A civil szektor legfőbb jellemzője az egyesületek és alapítványok nemkormányzati jellege. „Non-governmental organisations (NGO)” az angol nyelvű kifejezése a civilként független, autonóm társadalmi szerveződéseknek. Magyarországon a rendszerváltozás utáni jogalkotás ezt az államtól, kormányzattól független jelleget az egyesülési jogról szóló közjogi törvénnyel fejezte ki az egyesületekre vonatkozóan, s a polgári törvénykönyv magánjogi szabályozásában az alapítványokra irányulóan. A civil szervezetek „non-governmental” jellege érvényesült a különböző kedvezményekkel járó közhasznúvá minősítés folyamataiban is, hiszen a bíróság számára ehhez a döntéshez semmi olyan feltétel nem volt törvénybe foglalva, amely a civilek állammal való kapcsolatára, annak elismerésére vagy intézményesítettségére utalt volna. (A közhasznú minősítés 1998. évi bevezetése óta az összes civil szervezet 47 százaléka szerezte ezt meg, csaknem harmincezer civil szervezet.)
A Nemzeti Civil Alapprogram (NCA) támogatási rendszerében sem érvényesülhettek direkt kormányzati vagy politikai szempontok, hiszen az állam által az előző évi egyszázalékos szja-felajánlások összegéhez rendelt, s ily módon normatív, garantált költségvetési forrást a választott civil testületi tagok többségével működő tanács szabályai alapján a szintén választott civil többségű kollégiumok osztották fel a civil szervezetek között. Az NCA-testületek függetlenségét még az is biztosította, hogy elnökeiket ők maguk választották, s e választás eredményének megfelelően nevezhette ki őket az illetékes miniszter.